Generalni sekretar rukovodi radom Zajednice  i odgovoran je za zakonitost njenog rada. 
Generalni sekretar predstavlja i zastupa Zajednicu u pravnom prometu, i ima prava i dužnosti nalogodavca za izvršenje Finansijskog plana Zajednice, donosi odluke i druge opšte akte od značaja za funkcionisanje Zajednice, priprema predloge odluka i drugih akata koje donosi Upravni odbor i nacrte odluka i drugih akata koje donosi Skupština, stara se o izvršavanju odluka i drugih akata Upravnog odbora i Skupštine, vrši i druge poslove na ostvarivanju ciljeva i djelatnosti Zajednice.

Za svoj rad i rad Sekretarijata, Generalni sekretar odgovara Upravnom odboru. 

Generalnog sekretara bira i razrješava Upravni odbor na osnovu javnog konkursa, na period od četiri godine i može biti ponovo biran.

Funkciju Generalne sekretarke Zajednice opština Crne Gore, od 20. decembra 2022. godine, vrši Mišela Manojlović diplomirana pravnica.